奧林巴斯顯微鏡焦深為焦點深度的簡稱，即在使用奧林巴斯顯微鏡時，當焦點對準某一物體時，不僅位于該點平面上的各點都可以看清楚，而且在此平面的上下一定厚度內，也能看得清楚，這個清楚部分的厚度就是焦深。焦深大, 可以看到被檢物體的全層，而焦深小，則只能看到被檢物體的一薄層。焦深與其它技術參數有以下關系：
D=K·η/M·NA
K：常數約為240μ
η：被檢物體周圍介質的折射率
M：總放大率
NA：物鏡的數值孔徑
由公式得知：
1.焦深與總放大倍數及物鏡的數值孔徑成反比。
2.焦深對條件的要求與分辨率相反，分辨率高則焦深變小。因此，在使用奧林巴斯顯微鏡并要求高度分辨率的觀察時，由于焦深小，必須運用微調焦裝置上下調節，以檢測被測物的全層，彌補焦深小的缺陷。但是，奧林巴斯顯微鏡在進行顯微拍照時，則不能如此，需要盡量使用焦深大的物鏡。
3.被檢測物體周圍介質的折射率加大，可增大焦深。