奧林巴斯顯微鏡的包裝分內包裝和外包裝兩步。內包裝就是把顯微鏡裝在特制的包裝箱內。奧林巴斯顯微鏡在箱內應固定牢靠，保證木箱在翻倒、震動時都不會發生松動。鏡頭盒子也應牢靠地固定在箱內.說明書、隨機附件等應帶的東西均應全部包裝在箱內，不得遺漏，以保證顯微鏡的成套性。箱內應附有清單，以便核對。后把箱子鎖好。
外包裝就是運輸包裝。包裝箱可以是厚紙箱，也可用木板箱。但不論哪種箱，均不應有裂縫、腐蝕等現象。箱子大小，應根據需要可以一臺裝、二臺裝或四臺裝，箱內應干燥。高、中級型金相顯微鏡，應以一臺裝為宜。特別是奧林巴斯顯微鏡是十分昂貴的產品，內包裝箱的周圍應有防潮紙，箱與箱之間應墊以瓦楞紙，放進外包裝箱后。空隙較大的地方，應填以紙屑或刨花，以防運輸時，內包裝松動。
外包裝完成以后，箱子表面應標明精密顯微鏡，小心輕放，不許倒置，向上，防潮等字樣標記。
除包裝時注意顯微鏡緩沖外，運輸時也要采用帶有緩沖裝置的車輛，非機動車輛沒有這個條件，則必須在車上多墊軟物。同時行車時速不宜太快，汽車在不平整的小路，每小時不超過15公里，路面平整的，每小時也不要超過30公里，非機動車輛，時速應控制在8公里以內。
奧林巴斯顯微鏡的運輸：
(1)奧林巴斯顯微鏡在攜帶時，應將顯微鏡放在箱內正確的位置上，并固定牢靠，箱子拎在手里時不要搖晃，以防儀器在箱內受到撞擊。
(2)奧林巴斯顯微鏡在短途運愉時，應盡量把顯微鏡放在車輛的前部，儀器箱子下面應墊上軟物，并加以固定，然后蓋上蓬布。