尼康顯微鏡是一款具有卓越光學性能，合理人機學設計的正置顯微鏡。E100采用了尼康獨有的CFI無限遠光學系統，并對色差和場曲進行校正，工作距離更長，數值孔徑更高。新的BE平場消色差系列物鏡專為E100設計，確保在各個放大倍數下得到清晰明亮的圖像。
　　就是這樣一款優異性能的尼康顯微鏡，在操作上用戶更需認真，細致：
　　1.關顯微鏡前需將光源調到zui小；
　　2.調節物鏡時旋轉物鏡轉換器而非直接旋轉物鏡；
　　3.汞燈的開啟時間zui少要達到40分鐘以上，關閉后再次開啟中間的間隔時間應在40分鐘以上（以便使燈箱充分散熱）；
　　4.不要將灰塵、指紋等留在鏡頭上，鏡頭、濾色片上的灰塵將影響視場中的圖像，如果鏡頭變臟，用擦鏡紙蘸酒精輕拭；
　　5.聚光鏡前段的兩個白色的旋鈕是來調整控制科勒照明中心位置的，實驗者不須使用；
　　6.顯微鏡上端的燈柱上濾光片的使用：“D”模板推進光路里，“ND”模板可以根據鏡下亮度選擇推進或拉出（其內置ND2和ND16兩個減光片），“NCB11”模塊是日光平衡片，是糾正鹵素燈泡原始的顏色，是必須推進光路里的，“GIF”是綠色干涉片，是調整鏡下視野為綠色背景的，可以自行選擇；
　　7.顯微鏡機身前端有一個1X/1.5X的光學變倍，中間變倍：1.5x，顯微鏡zui大放大倍數（1.5×10×40=600倍）不管使用哪個檔位，一定要推到位；
　　8.熒光控制器和顯微鏡熒光裝置之間是通過光纖進行連接的，切勿將其彎折；
　　9.采集系統開啟順序遵照先硬件后軟件的原則，關機遵照先軟件后硬件的原則。通過計算機進行圖像采集時，打開相應的CCD開關，待開關上的綠色指示燈不再閃爍時再開軟件；
　　10.及時填寫預約和使用記錄。
　　后用完尼康顯微鏡以后，還需要注意它的清潔，為下一次使用做鋪墊。